Gleich oberhalb des Ausgrabungsgeländes wurde von dem Geld eines privaten Stifters das Archäologische Museum gebaut, das inzwischen aus allen Nähten platzt. Denn mittlerweile sind mehr als 12.000 Funde inventarisiert, und die Zahl der Funde vergrößert sich ständig. Eine Fülle, der man auf einer Fläche von weniger als 200 Quadratmetern unmöglich gerecht werden kann.
Im Eingangsbereich steht die hervorragend erhaltene, knapp überlebensgroße Statue des Hermes, eine Kopie aus dem ersten nachchristlichen Jahrhundert von einem Statuentyp aus der Schule des Praxiteles (4. Jh. v. Chr.). Im gleichen Raum befindet sich der Doryphoros (Lanzenträger) des Polyklet in einer guten Kopie aus der Zeit des Augustus. Beide Statuen wurden im Gymnasium gefunden.
In einer Vitrine sind Weihegeschenke für den kombinierten Kult der Demeter und der Dioskuren zu sehen, die westlich des Artemis-Heiligtums in zwei Opfergruben lagen. Sie sind als Zeugnisse wichtig, da sie aus der Zeit zwischen dem 7. und 4. Jh. v. Chr. stammen und damit belegen, dass es sich hier um eine der ältesten Kultstätten Messenes handelt.
Ein großer Teil des Museumssaals ist dem messenischen Künstler Damophon gewidmet, dem bekanntesten Bildhauer der späten hellenistischen Periode in Südgriechenland. Pausanias, der die Arbeiten Damophons sehr schätzte, erwähnt übrigens, dass Damophon nach Olympia geholt wurde, um die goldene Zeusstatue des Phidias zu reparieren. Hier im Museum von Messene werden von Damophon die beiden Körper der Asklepiossöhne Machaon und Podaleirios ausgestellt und Fragmente der Statue des Asklepios. Ebenfalls in Fragmenten sind die Statuen des „thebanischen“ Herakles, der Tyche und der Göttermutter Kybele zu sehen, außerdem die Überreste der Statuen von drei Priesterinnen der Artemis.
Der kleine Raum gegenüber des Eingangs wird beherrscht von der Staue der Artemis Laphria. Sie ist aus vielen Fragmenten zusammengesetzt aber vollständig, bis auf die obere Hälfte des Bogens, der schon in der Antike weggebrochen war. Sie ist eine Kopie aus römischer Zeit, vermutlich nach einem Original von Praxiteles. Weitere Funde, wie beschriftete Säulen, Skulpturenteile, Grabstelen und Inschriftensteine mussten leider aus den oben erwähnten Platzproblemen auf der Veranda im Untergeschoss aufgestellt werden, wo sie nur aus der Ferne bewundert werden können, weil dieser Gebäudetrakt auch als Büro, Archiv, Werkstatt und Labor für die Archäologen benutzt wird und der Zutritt für Besucher nicht gestattet ist.
